冷冻离心机主要是防止有些离心物质（如蛋白质等）在高温下产生质变。既然要冷冻，那就必须有制冷的效果，具有冰箱的效果，因此在冷冻离心机内部要不常温离心机加入更多的器件，比如压缩机等等，这就大大的增加了离心机的成本。

    冷冻离心机常用于大量初级分离提取生物大分子、沉淀物等。其转头多用铝合金制的甩平式和角式两种，离心管有硬质玻璃、聚乙烯硬塑料和不锈钢管多种型号。离心机装配有驱动电机、定时器、调整器（速度指示）和制冷系统（温度可调范围为-20—+40℃），可根据离心物质所需，更换不同容量和不同型号转速的转头。

      根据速度冷冻离心机又可分为两类。一是低速冷冻离心机。转速一般不超过4000rpm，大容量为2—4L。二是高速冷冻离心机。转速可达20000rpm以上，除具有低速冷冻离心机的性能和结构外，高速离心机所用角式转头均用钛合金和铝合金制成。离心管为具盖聚乙烯硬塑料制品。这类离心机多用于收集微生物、细胞碎片、细胞、大的细胞器、硫酸沉淀物以及免疫沉淀物等